本土疫情爆發後，馬祖、澎湖、金門等離島，分別於110年5月31日、6月1日公告對入境民眾強制快篩，若不配合快篩，將處最低3000元最高15000元的罰鍰，被處罰的人依法可陳述意見，並可訴願、行政訴訟等。金門縣政府指出，全面快篩是根據立法院所做的附帶決議，在凸顯離島醫療資源不足。然而，被衛福部以統一事權維護法制為由，「中央決策、地方執行」的權限分際，中央與地方應「標準一致、說法一致、腳步一致」防疫原則，而撤銷前揭強制快篩公告，惟可依憑個人意願快篩。行政院長亦強調，國家是一體的，基於全國防疫政策一致性，不能產生「國中有國」的雜沓亂象。
令人驚訝的是，3離島政府仍我行我素，不理會中央的撤銷處分，仍藉由罰鍰手段執意為之，對入境離島旅客強制快篩，以迂迴的方式繞過衛福部的撤銷公告，達到對入境旅客強制快篩的目的，對學法律的人，知道這種罰鍰經訴願救濟會被撤銷，或可擋住壓力，但對一般不是學法律的人，或是知道強制快篩違法，但是怕打官司麻煩的人，還是會乖乖配合，結果，真的變成了國中有國亂象。遺憾的是，衛福部明知地方政府的脫法行為，卻任由地方政府胡作非為，折損中央疫情指揮中心的公信力，也使成地方政府首長藉由疫苗謀其政治利益，準此，中央撤銷強制快篩的公告，沒有發生任何法律效果，又任由地方政府迂迴侵害人民免於被強制快篩的恐懼，斲喪人民對法律的信賴，更可能造成藍營執政縣市群起效尤，這樣的撤銷，豈非無效而毫無意義？
地方政府官員在機場執行時跟旅客說，不快篩就罰錢，則地方政府明知強制快篩違法，使人行無義務之事，在刑事上，有可能構成強制罪；此外，也有可能構成恐嚇危安罪，因為地方政府官員的行為，以「將來」剝奪其財產之惡害通知旅客，使旅客心生財產將被剝奪畏怖之心，不管用言詞告知，或直接「開單」，均有涉犯恐嚇危安罪嫌之虞，則地方政府首長的一意孤行，將導致屬下犯罪的結果，還要擅專妄為嗎？
另外，地方政府而所持另一理由為立法院附帶決議，然而附帶決議對行政機關並無拘束力，只是建議性質，何況，立法院的附帶決議對象是行政院，不是地方政府，這不是與苗栗縣議會通過禁止人民打高端疫苗一樣荒謬可笑？而醫療資源不足，不僅在離島，在臺灣本島除直轄市以外的許多縣市亦然，也不見荒謬如苗栗縣也實施強制快篩？倘離島任一縣市爆發大規模疫情，中央亦會協助或挹注醫療資源補充其不足，豈能以之為強制快篩的藉口？喜見8月25日武漢肺炎本土案例為零，完全歸功於全民對衛福部的配合及信賴，倘3個顢頇無理的離島首長，漠視疫情指揮中心依法撤銷的行政措施，指揮中心對3離島首長仍毫無作為制衡對應，則指揮中心未來之其他作為，又何能博取人民的信賴？衛福部，加油！